Le chiffre par décalage porte le nom de Jules César qui, rapporte son biographe Suétone, utilisait un décalage de 3 dans sa correspondance privée : A devenait D, B devenait E. Son successeur Auguste préférait un décalage modéré de 1, écrivant simplement la lettre suivante de l'alphabet. Pour le monde romain, c'était une protection suffisante : beaucoup des ennemis des destinataires ne savaient pas lire le latin, et les Romains lettrés ne considéraient pas la substitution de lettres comme de la cryptographie sérieuse.
Suétone décrit les deux schémas sans détour dans Vie des douze Césars — c'est ainsi que nous connaissons encore les détails. Le chiffre n'a jamais été un secret d'État : il circulait comme une curiosité, une astuce du grand commandeur, et des manuscrits médiévaux ont recopié des tables de rotation pour « l'alphabet de César » bien après la chute de l'empire.
Vers le IXᵉ siècle, à Bagdad, Al-Kindi rédige un traité sur le déchiffrement des messages : comptez les lettres, comparez les comptages aux fréquences connues de la langue, et la substitution se dévoile. Cette seule idée a cassé d'un coup tous les chiffres monoalphabétiques — celui de César compris — et a poussé les cryptographes vers des chiffres qui masquent les fréquences des lettres.
Le chiffre de César survit comme premier chiffre de manuel. Vingt-cinq clés sont inutiles pour de vrais secrets, mais le schéma est parfait pour apprendre ce qu'est une clé, ce que coûte la force brute et pourquoi l'analyse fréquentielle a changé la discipline. La réponse de la Renaissance — plusieurs alphabets à la suite — est le chiffre de Vigenère, couvert par ce site de la même façon.