Використання кількох алфавітів по черзі стало великим стрибком криптографії Ренесансу. Близько 1467 року італійський архітектор і криптограф Леон Батіста Альберті запропонував шифрувальний диск: два накладені кола літер, які обертали між словами, щоб та сама літера не завжди шифрувалася однаково. Кілька десятиліть потому німецький абат Йоганнес Тритемій опублікував tabula recta — квадратну таблицю всіх 26 алфавітів зсуву, якою досі користуються шифри типу Віженера, — у своїй книзі про стеганографію Polygraphia (1508).
Шифр, який нині називають шифром Віженера, 1553 року описав Джованні Баттіста Белласо: він поєднав tabula recta з легкою для запам'ятовування ключовою фразою та зазначив, що ключ варто часто змінювати. 1586 року французький дипломат Блез де Віженер опублікував власний, сильніший варіант з автоключем. Історія переплутала авторство: шифр із ключем, що повторюється, назвали на честь Віженера, і назва прижилася.
Приблизно три століття шифр був відомий як le chiffre indéchiffrable — «нерозкривний шифр». Його широко використовували для дипломатичного листування, і довгий час репутація була заслуженою: доки ключ довжиною з повідомлення і не використовується двічі, наведені нижче методи не працюють.
Ключ, що повторюється, — це вразливість. 1854 року Чарльз Беббідж зрозумів, як відновити ключ із англійського шифротексту, імовірно, щоби розкрити шифроване оголошення в пресі, але так і не опублікував свій метод. 1863 року прусський офіцер Фрідріх Касіскі опублікував той самий загальний метод — тому тест повторюваних послідовностей носить його ім'я. У 1920-х індекс збігу Вільяма Фрідмана перетворив визначення довжини ключа на вимірювану статистику, і шифр став учбовою вправою.
David Kahn, The Codebreakers (1967), розділи про шифри Ренесансу.